少年時并不出眾，18歲開竅
1989年6月18日，馮卓毅出生于武漢的一個普通家庭。因為從小就喜歡運動，他在6歲時就被家里送去打羽毛球，想以此來鍛煉他的身體和意志。但幾個月之后，發現一直對羽毛球沒有興趣的馮卓毅選擇了放棄。“后來有一天路過一個足球場，看見有很多小朋友在訓練。當時教練看到我，就讓我加入進來一起踢一踢，試試看。從那時候開始，我就喜歡上了足球這項運動。”從此，馮卓毅就走上了足球道路。
到了2002年，成都市足協去武漢挑選第一批青訓隊員，當時一共挑選了11名隊員，其中就有馮卓毅。“其實他在13歲到18歲的這幾年時間里面，表現一直都不突出。”成都市足協副主席劉剛回憶，當時跟馮卓毅同年齡段的青少年球員大概有25人左右，“如果選其中20個人出去打比賽，那么10次里面可能7次都沒有他。”
“但是當馮卓毅到了18歲，他一下就有了很大的轉變。”劉剛評價道：“仿佛一夜之間，蒙著他天賦的那層紙就被捅破了，他突然球感變得很好，踢球的思路也清晰了許多。他原本有個外號叫‘大皮’，就是因為他踢球的時候總是不緊不慢的。但恰恰是這個曾經的缺點，成為了他現在在場上的特點和優勢。”
成都足協青訓總監助理王昕軻和馮卓毅是在同一時期參加的青訓，兩人在后來的成都謝菲聯時期還是隊友，他評價道：“馮卓毅一直以來都非常自律，他的綜合能力以及職業精神都讓我很敬佩，當時他在隊里也和大家相處很好。”
職業生涯迎來爆發
2007年，成都足協將馮卓毅輸送至成都謝菲聯足球俱樂部，他就此開啟了自己的職業生涯。在此期間，馮卓毅還曾被租借到其他俱樂部。到了2009年，馮卓毅回到成都，正式代表成都謝菲聯出戰，此時他已經成長為了能夠獨當一面的中場大將。在這一年，他還作為四川隊的一員參加了全運會的比賽。
馮卓毅回到成都，加盟成都興城足球俱樂部2009年8月，馮卓毅首次入選了國奧的集訓大名單。當時成足主帥王寶山評價道：“這小子，防守和組織都很有特點，我對他在中超賽場的表現非常滿意。像馮卓毅這樣的年輕隊員，入選國奧是件好事，希望他能在國奧隊打出名堂來！”
在2012賽季，一直不斷努力的馮卓毅終于迎來了自己職業生涯的爆發，在多場比賽中奉獻關鍵進球。中甲第4輪，憑借馮卓毅最后關頭的進球，成都謝菲聯2比2客場戰平福建駿豪隊，賽后他感嘆：“3年職業聯賽第一球，真的是鐵樹開花啊！”隨后的中甲第9輪，馮卓毅再次扮演了救火隊員，在終場前將比分扳平。第10輪比賽，在比賽第83分鐘，馮卓毅擺脫后衛，對延邊隊完成絕殺！
2013年初，司職中場的馮卓毅帶著單賽季7球的高光表現離開了成都，加盟廣州富力繼續征戰中超聯賽。效力廣州富力期間，他代表球隊登上亞洲舞臺，出戰亞冠聯賽；2016年，馮卓毅轉會河南建業，此后的四個賽季，他一直是主力中場，為球隊出場各項賽事達到106次，作為球隊中場節拍器貢獻了6個進球12次助攻。
